Некоторые сторонники холизма относятся к ортодоксальной аналитической науке, как упрощенной парадигме, ссылаясь на тенденцию классической науки к модульным решениям, то есть к разбиению Системы на отдельные части для изучения.
Предпосылкой холизма является то, что есть качественная разница между целостной системой и ее частями: "модуляризация" при исследовании системы может дать неточный, неудачный результат. Применительно к науке, холисты в целом могут утверждать, что эта разница и может создать вид строгого метода, типичного для научного исследования. Различие подходов тогда заключается не столько в субъектах, выбранных для исследования, но и в методах и допущениях, используемые для их изучения. Например, в области квантовой физики, Дэвид Бом указал, что не существует научных доказательств в поддержку доминирующего мнение, что Вселенная состоит из огромного, но конечного числа мельчайших частиц, и предложил вместо него в целях неделимой целостности.
Хотя, по мнению некоторых ученых , (как альтернатива) , целостный метод иногда не в ладах с классическим научным методом. Там, где холистический подход произошел из стандартного научного подхода, целостный результат работы специалистов в такой науке, как правило, в разной степени, - слияние двух подходов. Например, гештальт психология выросла из ранней экспериментальной психологии. Когда термины "холизм " и редукционизм" используются для конструктивного решения , в контексте науки, то скорее это методы интепретации эмпирических данных а не методы, используемые для получения этих.
Вокруг холистической, интегральной науки идут споры. И часто люди используют терминологию холизма в своих интересах, особенно сторонники таких течений, как органическая медицина, альтернативная медицина, натуропатия и психическое здоровье. Из за этого, иногда холистический подход даже называют "лженаукой", поскольку он не достаточно строго следует традиционному научному методу (Bunge (1983) and Lilienfeld et al). Stenger (1999) говорит, что "целостное лечение связано с отказом от классической, ньютоновской физики. Тем не менее, "холистическая медицина" берет многие идеи из физики восемнадцатого и девятнадцатого века . Его сторонники в блаженном неведении, что эти идеи, особенно "сверхсветового холизма" (эфира? - Holist) , были отклонены современной физикой ".
Джон Хорган выразил эту точку зрения в книге "Конец науки" (The End of Science, 1996). Он писал, что определенные Pervasive модели, в рамках целостной науки, самоорганизованной критичности, например: "...в действительности не является теорией вообще. Это прерывистое равновесие, самоорганизованная критичность - просто описание одного из многих случайных флуктуаций, шума, пронизывающего природу... ". "...По собственному признанию теоретиков", - сказал он, "такая модель не может генерировать ни конкретные прогнозы о природе, ни значимых идей. Тогда, какая от нее польза?!"
